Akatsuki (暁, szó jelentése "hajnal") kezdetben a szervezetet Yahiko és a két elvtársak,Konan és Nagato hozta létre annak érdekében, hogy harcoljon a zsarnokság és az elnyomás ellen, ami szülőfalujába Esőrejtekben volt, a Harmadik Nagy Shinobi Háborút akarta lezárni, valamint az hosszú távú célja a világbéke volt.
Miután Yahiko meghalt,Obito Uchiha hatása alá került és az Akatsuki bűnszervezetté vált, amely S-rangú szökött nindzsákból állt, és a legkeresettebb csoport lett a shinobi világban. A fő célja az, hogy összegyűjtik a bijuukat és világuralomra törnek.Az Akatsuki, annak ellenére, hogy kezdetben csekély a szerepe volt csupán,az elsődleges ellenséges erő lett.